L'histoire commence dans la BGU: Balamb Garden University. La deux personnages sont constamment en train de se battre et de se disputer pour savoir qui est le meilleur: Seifer: Bouffon pleins d'ambitions, incapable de se maîtriser, et Squall: la même force que Seifer, mais le caractère opposé: Gris, sombre, souvent seul, n'a pas du tout l'esprit d'équipe, mais pourtant il fascine. Squall et Seifer sont en plein examens SeeD, et une épreuve est de délivrer Dollet (une petite ville) des soldats de Galbadia, une université ennemie. Squall réussira avec brio sa mission tendit que Seifer sera recalé. Plus tard Squall et son équipe

seront envoyés pour une mission officiel: Aider un groupe de résistant (dont le leader est Linoa) à destituer le président de Galbadia. Pendant le voyage, plusieurs rêves communs vont se produirent, toujours avec le même personnage: Laguna, qui est-il, et que veut-il, pourquoi ressemble t-il à Squall? La commence l'histoire, vous rencontrerez Edea et Seifer deviendra son acolyte, Et votre mission sera de la tuer....