L'histoire commence et Clad, un ex membre du soldat, sort d'un train, mission: aider un groupe de résistants nommé "Avalanche" à faire exploser un réacteur, réacteur qui pompe l'énergie spirituelle de la planète et la transforme en Mako. Vous cheminez entre les tuyaux et arrivez finalement au centre du réacteur. Barret, un monstre de 2 mètres et de 150 kilos, vous demande de poser la bombe....vos mieux pour accepter pour votre santé^^ Vous avez maintenant 10 minutes pour sortir du réacteur avant que la bombe explose.

Après vous être échappé du réacteur, Barret vous demande de faire exploser un deuxième réacteur. Cette fois-ci vous devrez cheminer dans les conduis d'aérations pour parvenir au centre du réacteur.....pareille, même procédure: bombe à poser, mais ce coup si Clad est pris d'un coup de folie et s'écroule, pendant ce temps une mystérieuse voix lui parle....Clad se réveille, et votre équipe s'en vas au dehors, mais le président Shinra vous attendez et vous a tendu un piége: un robot mitrailleur que vous devez battre sur un ponton à une centaine de mètre d'altitude!!! Vous le battez mais ce bougre de robot explose et propulse Clad dans le vide.....cent mètres plus bas sous le regard impuissant de l'équipe...